通过产生大量细胞和细胞外物质或生物膜，可以保护微生物免受消毒剂的影响。
生物膜是微生物群落，紧密附着在表面上，不易被去除。一旦这些质量形成，其中的微生物可通过多种机制抵抗消毒剂，包括较老的生物膜的物理特征，细菌的基因型变异，中和酶的微生物产生和生物膜内的生理梯度（例如，pH）。
与悬浮液中的相同细菌相比，生物膜内的细菌对抗微生物剂的抗性高达1,000倍。尽管正在研究用于去除生物膜的新的去污方法，但氯和一氯胺可以有效地灭活生物膜细菌。在漩涡中发现了生物膜，牙科设备水线和许多医疗设备（例如，隐形眼镜，起搏器，血液透析系统，导尿管，中心静脉导管，内窥镜）。它们的存在可能对免疫受损的患者和具有留置医疗器械的患者产生严重影响。一些酶和洗涤剂可降解生物膜或减少生物膜内活细菌的数量，但没有产品经EPA注册或FDA批准用于此目的。